菏泽市较为著名的牡丹园有曹州牡丹园、曹州百花园、古今园和中国牡丹园。四个牡丹园各有特点，其中中国牡丹园地位位置较偏僻，面积最大， 曹州牡丹园最为著名。
曹州牡丹园
曹州牡丹园座落于山东省菏泽市牡丹区人民北路，国家AAAA级旅游景区。全园包括五个大田牡丹观赏区：主题牡丹观赏区、曹州牡丹园古谱区、桑篱园古谱花田区、牡丹芍药科研展示区、获奖牡丹花田和湖山景观区、野趣水景区、世界国花园景区、四季牡丹景区、十二花神景区等十二大景区。
曹州百花园
现为国家AA级旅游景区，原名“万花村”，始建于明朝嘉靖年间，1982年胡耀邦同志视察牡丹园后重建。曹州百花园面积100亩，种植牡丹12万多株，被誉为“牡丹精品园”，红、黄、蓝、黑、白、绿、紫、粉复色九大色系，达820余种，珍稀传统品种应有尽有。
特别是500余株百年以上老龄大株牡丹，枝繁叶茂，花朵累累，格外触目，其中一株400余年牡丹，高盈丈，冠5米，花达400余朵，海内外叹为观止，皆称“牡丹王”。园内自育自繁牡丹名贵新品400余种，更是金玉映辉。
曹州百花园独占地利，牡丹开花早，谢花迟，芍药相继而开，集观赏芍药名品300余种，花俏色艳，风姿卓越，其色、香、型可与牡丹媲美。每当谷雨前后，牡丹、芍药次第怒放，姹紫嫣红，千姿万态，满园妍丽夺目，游人如潮，流连忘返，是菏泽牡丹重点观赏园。
百年牡丹-百园颂
百年牡丹-清香白玉翠
古今园
现为国家AA级旅游景区，亦称王梨庄花园，始建于明朝万历年间，距今已有数百年历史。清朝乾隆年间，王孜诵整治花园，并以“孜诵坊”饮誉于世。清末同治年间，王愈昌重修其址，之后正式命名古今园。
该园占地面积24亩，是菏泽市牡丹园中面积最小的一个，园内珍品荟萃，情趣盎然，尤以松柏编制造型（习称“松编”）为其特色。古今园面积不大，但牡丹品种齐全。除牡丹外，还有许多奇花异木，芍药、荷花、迎春、丁香、月季、玫瑰、海棠等，不下几十种。
400多年的龙头槐蜷曲有致；100多年的翠兰松，郁郁葱葱；还有一棵罕见的文果树，独树一帜。在以大田牡丹为特色的菏泽，规模小巧的古今园颇具“小家碧玉”的韵味，略有江南园林情趣，特色较为鲜明。
中国牡丹园
中国牡丹园位于菏泽市牡丹区牡丹街道办事处，紧临220国道，是世界上面积最大的牡丹观赏园之一。园区占地1200亩，由国际一流园林设计单位规划设计，按照“5A”级景区标准建设，集牡丹品种保护、繁育和观赏于一体。
主要景点有：牡丹及芍药观赏区、观花楼、三仙庙、牡丹广场、菏泽名人蜡像馆、牡丹文化展览馆、明清牌匾博物馆、菏泽牡丹瓷研究中心、四季温室、滑雪场、野生动物世界、步步惊心网红桥、科技馆、牡丹酒坊、青少年拓展基地等。二期在建项目有婚纱摄影基地等相关配套设施。
